Foi a partir do interesse de um particular pela aquisição de grande parte dos terrenos onde se situa a Cidade Romana que tudo se desenrolou. Embora a Ammaia seja classificada como Monumento Nacional desde 1949, o Estado nunca efectuou qualquer trabalho de estudo, exceptuando a sua classificação, deixando, todavia, os terrenos na posse dos proprietários, de entre os quais se deve referir a Condessa de Monsaraz, que detinha em seu poder a maior parte da área classificada.

Quando em 1994 o Eng.º Carlos Melancia se propôs adquirir a propriedade denominada Quinta do Deão e Tapada da Aramenha, foi solicitado ao Estado, através do IPPAAR – Instituto Português do Património Arqueológico e Arquitetónico - que se pronunciasse sobre a aquisição, dado que detinha direito de preferência sobre os terrenos onde se situam as ruínas. O IPPAAR decidiu não assumir esse direito desde que surgisse um projeto, de âmbito cultural, que salvaguardasse as ruínas da cidade. Surgiu então a ideia de criar uma Fundação, na qual deveriam participar entidades públicas e privadas, começando a desenvolver-se o núcleo que viria a constituir o respetivo Conselho de Curadores, vindo este a tornar possível a sua constituição. Embora os primeiros trabalhos arqueológicos de caráter científico se tenham iniciado em 1994, apenas em 1997 se dá a legalização da Fundação sendo a sua constituição formalizada por Escritura Pública a 27 de Novembro desse ano, dela fazendo parte diversas entidades públicas, como a Universidade de Évora, o Município de Marvão e algumas personalidades que desde o início acreditaram ser possível que uma Fundação de cariz privado mas de serviço público pudesse levar a bom termo tão auspiciosa tarefa para salvar um dos mais importantes vestígios da civilização romana no nosso pais.

A Fundação surgiu num período em que a sociedade portuguesa começava a estar mais desperta para os aspetos relacionados com o património, na mesma altura em que começou a surgir toda a problemática em torno das gravuras paleolíticas de Foz Côa.